最后，自貿區建設還是反腐倡廉的試驗田。自貿區涉及人民幣跨境使用、人民幣資本項目可兌換、利率市場化、外匯管理等等改革試點，在反腐敗的層面，這些創新試點可能蘊涵著諸多腐敗發生的新的“灰色地帶”，這就需要現行的反腐敗體制進行新的適應性調整，把“制度加科技”的內涵進一步豐富、外延進一步拓展，為新型腐敗的有效應對探索一條新路。
須破解三個難題
要使自貿區建設對簡政放權的試驗田效應得到充分發揮，當前必須破解三個難題：其一，上海作為一個整體的城市治理與自貿區作為局部的區域治理如何有效協調，換言之，自貿區建設經驗對政府在城市治理中的簡政放權如何形成有效銜接，如協調不好則有可能極大地弱化自貿區經驗的正向溢出效應；其二，簡政放權的必然結果是承接政府權力轉移的社會組織的迅速成長，這一過程中，社會組織的功能和影響逐步擴大，可能與政府形成新的利益博弈，這就使得政府既不能繼續把社會組織作為政府手臂的延續，又必須對社會組織的利益沖動施加必要的規制，形成有機的城市治理協同格局；三是自貿區是以管委會的形式行使政府委托的管理權，但管委會不是經人大選舉產生的一級政府，它具有政府的屬性但不是政府本身，這就在許多職能的行使上存在體制性障礙，需要與政府部門協調關系，從而可能產生一些新的矛盾、遇到新的體制性障礙。進一步說，建立自貿區是國家行為，上海是具體的職責承擔者，這就涉及中央政府部門與地方政府的職能協調，相互之間能否順暢溝通直接關系到自貿區建設的發展步伐。
自貿區建設是國家戰略，同時又是上海的重大發展機遇，自貿區建設中取得的制度創新經驗不能僅限于內部消化，正如世博會的召開為上海的城市建設發揮了巨大的推動作用一樣，當前的自貿區建設應與上海的“四個中心”建設形成有機聯動，使簡政放權在自貿區率先取得突破，在上海的城市發展中得到普及、在全國范圍起到示范作用，這是自貿區作為簡政放權“試驗田”的應有之義。
