日本民間智庫三菱綜合研究所當年也嘗試著對農業的多功能進行了貨幣評價（表2）。根據這一評價，日本農業除了農產品以外的多功能評估，其價值總值約82085億日圓，大致相當于一年的農業生產總值（2004年日本農業生產總值為87863億日圓）。
根據科學家的意見，日本政府在新農業基本法中強調日本農業今后要重點發展生態農業、觀光農業和休閑農業，以體現農業的更多社會功能。這也意味著日本農業將得到政府和社會更多的保護和扶持。
但是，由于日本社會本身的深度老年化，日本農業已經面臨了后繼乏人的嚴峻時刻。未來的農村改革，將需要解決的是農業的勞動力問題。對此，日本將不得不開放國際勞動市場，在某種程度上依賴發展中國家的年輕勞力來維持農業生產的正常發展。
日本農村行政治理改革的得與失
封建時代的日本農村行政治理，其基本政治形態是幕藩體制下的等級領主制。但由于地理環境因素和征收賦稅和勞役的關系，也實施了以自然村落為基本自治單位的國郡鄉里村及五戶聯保的分層管制形態，甚至還有一些宗教組織影響下的獨立村落。明治維新以后日本進入現代社會，農村的行政治理變革，可以說經歷了三個大的階段。
第一個階段是戰前時期。
戰前日本農村行政治理變革的主要特征，可以說是建立了一種中央集權式官僚主導、以農村大地主勢力為核心的管理體制。
1873年明治政府設立了內務省，主管地方政權建設。1888年，明治政府頒布新的市制和町村制，在封建社會傳統的自然村的基礎上進行大幅度合并，以小學校學區人口規模為基準，建立新的行政村體制。1888年時的71314個町村，1889年末合并成了15820個，大約減少了80%。當時的地方體制，府縣（相當于中國的?。┮患夒m然都設立了議會，但府縣知事和市町村首長并不通過選舉產生，而都必須由內務大臣任命。通常府縣知事和市長大都來自內務省官僚，而町村首長均由內務省從各地的名門望族即大地主階層中任命，這延續了封建時代的習慣做法。在新的行政村體制下，舊的自然村以“大字”等名稱依然保留下來，仍舊發揮了傳統的村落自治的生活生產共同體作用。
一直到戰后1947年農地改革，農村大地主的土地被國家征收，大地主在農村的勢力才被基本鏟除，開始了以小農自治為核心的新的制度。臭名昭著的內務省，戰后也和舊日本軍隊、警察一起被美國占領軍總司令部認定為法西斯體制的三大毒瘤之一，被強制解散。
戰后日本農村進入了農村治理改革的第二階段。
戰后制定的新憲法第八章規定日本實施地方自治制度，據此日本于1947年制定并公布了《地方自治法》，規定都道府縣和市町村均為普通地方公共團體，必須設立各級地方議會并且由居民直接選舉首長。為此，總理府內設立了地方自治廳管理地方選舉和財政支援等事務，并且在60年代升格為了自治省。從此日本農村開始建立了真正現代民主式的自治行政管理制度。
1953年，日本政府制定了町村合并促進法，1956年又制定了新的市町村建設促進法，開始以中學學區為基本人口規模，進行大規模合并運動。1953年共有9868個市町村自治體，經過合并，1961年減少了三分之二，變成了3472個。
