鄉鎮財政能力弱化導致鄉鎮政府“矮化”
預算（特別是支出預算）流于形式
例如，華北某縣的A鎮向鎮人大報告的2014年財政支出預算安排1600萬元，其中只包括政府機關工資及辦公經費、退休人員經費、農村公益事業補助、村干部工資及辦公經費、公益事業建設經費五類，且僅列出了大類和金額，年度決算后的實際支出是預算的7倍。這也意味著，預算草案中僅列入了人員工資、辦公等經常性經費，沒有真正起到預算的作用。
現實中，大部分鄉鎮財政支出游離于人大監督之外，也沒有進行公開，轄區內公眾的參與程度低。這種流于形式的預算編制，無法達到政府理財民主化、科學化、透明化的要求，不能反映基層民眾的需求，也無法準確體現鄉鎮政府對公共資源的分配和對公共物品、公共服務的提供，不利于人大和社會公眾對鄉鎮財政預算的監督。究其原因，主要在于實施“鄉財縣管”改革后，鄉鎮政府大部分的支出安排由縣級層面決策，再通過專項轉移支付的形式下達給鄉鎮，鄉鎮政府無法準確預計并安排下年度預算。
組織收入功能削弱
“鄉財縣管”只是改變了政府間的財力配置和資金管理方式，沒有增加縣級和鄉鎮的總體財力；而且由于鄉鎮組織收入功能的弱化和積極性的下降，還在一定程度上導致基層的財力萎縮，提供公共服務的能力下降。鄉鎮經濟發展功能弱化的直接后果是轄區內企業減少，大量失業居民只能依靠政府提供的公益性崗位就業，不但收入水平極低，還增加了政府的財政負擔，形成了越不發展經濟就越沒有財政收入和就業崗位，但失業救助又需要增加財政投入的惡性循環。
鄉鎮政府職能弱化
實施“鄉財縣管”改革后，不但財力集中到縣級以上政府，事權（管理的決策權）也相應地集中到縣級以上各職能部門。這些部門通過項目審批和專項轉移支付來追求自身利益，而鄉鎮所具有的僅僅是辦事責任，實質上成為縣級政府的派出機構。上級部門設置考核指標，對于鄉鎮政府而言，往往辦事責任所需資金遠超上級部門下達的轉移支付資金，但是若達不到上級部門的要求，其就將面臨到上級部門的考核問責。
此外，在現階段，鄉鎮政府經常會接到上級政府部署的臨時性任務，例如上級領導在某次會議上臨時決策或在某次調研中臨時部署的事項，這些任務大都沒有預算安排或沒有對應財力，需要鄉鎮政府臨時籌措資金，進而增加了管理上的難度。
公共品提供能力受限
實施“鄉財縣管”改革后，涉及農村公共設施、公共事業、公共福利、公共服務等領域的公共物品和服務的大部分事權和財力被集中到縣級以上的職能部門，鄉鎮政府能夠自主掌握的財力有限，只能被動地執行上級部門決策的事項，按要求使用上級下撥的轉移支付資金。
鄉鎮政府是直接接觸村鎮居民的一級政府，最了解轄區內居民的社會需求，而掌握事權和財力的上級部門并不了解居民實際需求，往往從政績觀、部門利益等因素出發考慮并作出決策。鄉鎮政府公共物品和服務提供能力的弱化，客觀上導致了轄區內居民的訴求無法得到解決，激化了百姓與政府間的矛盾，加大了基層政府治理的難度，抬高了行政運行的成本。
縣鄉間轉移支付制度不合理且存在隱患
縣級對鄉鎮的專項轉移支付占比過高，鄉鎮能夠自由支配的財力不足。這種先把財力集中到縣級以上政府，再通過轉移支付的方式下達到鄉鎮的做法本身就是一種效率損失。在這些轉移支付項目資金中很多都有配套的要求，沒有自主財力的鄉鎮政府只好采取“變通”的方式，通過變更項目設計、調整項目預算甚至挪用其他項目資金等方式達到配套要求。
為申請到專項資金，鄉鎮政府需要聘請中介機構來制作項目文本，派專人與上級審批部門溝通協調，甚至通過一些為個人服務的手段拉近與項目審批者的關系。這種管理方式既存在較大的隱患，也很難實現公共服務均等化的目標。一般性轉移支付占比小，沒有增長機制，鄉鎮政府可支配財力有限，無法滿足逐年增長的人員成本、辦事成本，因此不得不采取向縣財政舉債或相互借債、拖欠工程款等方式維持運行，寅吃卯糧的做法增加了基層財政運行風險，最終還是需要上級政府買單。
