第三次變革：家庭承包制與市場化
“鄉政村治”治理體系的建立
農業合作化和集體化雖然解決了農業為工業化提供積累的制度保障問題，但是沒有解決好“三農”本身的發展問題。1978年開始的農村改革，由于尊重農民的權利和利益而為農業的發展創造了巨大的動力。
原有農村集體生產經營被家庭經營所取代，使得建立在集體經營管理體制上的政權管理模式——人民公社體制喪失了“政社合一”的經濟基礎。隨著鄉鎮政府取代公社，原有的生產大隊和小隊，也分別轉變為村民委員會和村民小組，后者只擁有土地所有權、發包權和為政府收繳稅賦的責任。
農業家庭經營的確定和“政社合一”的人民公社的解體，標志著高度組織化和行政化的鄉村社會治理結構開始發生根本性的變化。原來被高度組織起來的農民逐步獲得了自由支配自己勞動、生產資料和收益的自由，原有的鄉村組織也逐漸松弛甚至弛廢和有名無實。1982年通過的新修訂的《憲法》明確規定，城市和農村按居民居住地區設立的居民委員會或者村民委員會是基層群眾性自治組織，從而奠定了村民自治的法律基礎。1987年11月，全國人大通過了《中華人民共和國村民委員會組織法（試行）》，對村民委員會的性質、地位、職責、產生方式、工作方式等作了具體明確的規定，正式確立了我國農村基層實行村民自治的法律地位。至此，我國農村基層形成了“鄉政村治”的新的治理體制。
在1992年之前，由于鄉鎮政權成為一級財政，有收稅的責任和支出的需要，因此對鄉村基層的控制仍然很緊。而且當時國家的政策基本上不允許農民及其資本異地流動，提倡“離土不離鄉，進廠不進城”，私營經濟尚未真正獲得合法地位，農民尚心有余悸，鄉村社會的治理結構雖然呈現出原有組織松弛、原有基層干部權力縮水的現象，但仍然在發揮作用。由于限制農民的地域性流動，且農村原有精英仍然在原地，因此黨的組織系統仍然比較完整，保持著鄉黨委（原來的公社）——村支部（原來的生產大隊）——黨小組（原來的生產小隊）這個架構，并在鄉村治理結構中處于核心地位，發揮著領導中樞的作用。
鄉村社會治理再次陷入分裂狀態
1992年初鄧小平“南方談話”后，中國加快了建立社會主義市場經濟的步伐。隨著城市糧油定量供應制度的取消，由“農民工”組成的“民工潮”開始成為整個90年代城鄉關系的主要特點，也是中國經濟轉型過程中獨有的現象。但是從1992年開始，市場化、工業化、城鎮化的加快，以及城鄉收入差距的擴大，不僅使農村的資源和資金流向城鎮，也吸引數量眾多的農民以經商、投資、打工等多種方式遷移向城鎮。這種空前規模的農村青壯年人口流出，導致原有鄉村社會組織更加衰落，無論“鄉政”還是“村治”，都面臨著缺乏精英問題，就像20世紀初政府廢除科舉和鼓勵興辦實業后，鄉村精英轉向城市讀書和就業一樣。
可以看出，人民公社解體后形成的“鄉政村治”社會治理方式，一方面重新劃定了國家權力與社會權力、農村基層政府與村民自治組織的權力邊界，從而為農村基層社會的自我組織和管理提供了一定的社會與政治空間，同時也為農民的經濟自主和政治民主提供了基本制度與組織框架，使得農村基層政權與村民自治組織的關系已由原來的行政隸屬關系逐漸轉變為合作治理的關系。但是另一方面，從1985年實行鄉級財政后，農村基層政府由于事權的增加特別是1994年實行分稅制后地方財政的緊張，導致鄉村基層政府和村民委員會的主要任務是收取各種名目的稅費。這又反過來加劇了鄉村基層政府與農民的矛盾，即所謂的“干群矛盾”。鄉村社會治理再次陷入分裂狀態。
