區域創新體系的治理理論
區域創新系統是一個由主體要素和非主體要素組成的復雜系統，包括政府、企業、大學、科研機構、中介機構和金融機構等主體要素，以及其他社會支撐系統、外部資源和環境等非主體要素。這些要素通過各種正式或非正式的方式建立區域內外的廣泛交流與合作，圍繞區域發展戰略目標組成推動創新的網絡系統。區域創新系統的治理理論在區域創新體系的運用，同樣強調多元參與和民主協商。政府是創新政策體系的構建者和實施者，提供創新服務和市場糾偏；高校和科研機構是創新體系的重要組成部分，承擔知識創新、人才培養等職責；企業是創新體系內的核心力量，是創新成果運用和生產力提升的關鍵；中介機構、金融機構是各種創新資源匯聚的融合劑和創新應用的催化劑，促使科技創新資源的加速融合和創新成果的形成。
全球治理委員對治理的定義如下：“治理是或公或私的個人和機構經營管理相同事務的諸多方式的總和。它是使相互沖突或不同的利益得以調和并且采取聯合行動的持續的過程。”治理具有兩方面的特征： 一是治理主體的多元化，既涉及公共部門，也包括私人部門；二是治理機制的包容性，既包括正式的制度化機制，也包括各種非正式機制。關于區域創新體系的治理理論，主要有以下幾種：
多元理論
區域科技創新系統是由各種創新主體要素以及外部資源、環境等非主體要素共同組成的。創新系統強調的是多元主體的并行治理，通過充分發揮系統中各種創新要素間的合理分工與協作，實現系統整體高效運行，區域科技創新能力顯著增強。在區域創新系統治理能力中應該體現出多元主體的投入、產出等指標。
創新系統協同理論
區域創新系統是一個整合了多個創新主體的復雜的系統，各創新主體通過多種形式的協同作用，形成創新網絡，促使知識和技術的外溢與擴散，降低或規避創新風險、減少創新成本、提高創新效益，實現系統的整體功效。區域創新系統治理能力的評價體系中應該有政府、高校、科研機構和企業相互支持的指標。
社會成本理論
在整個社會的運行中，法律法規規范了各社會群體生產生活中的正式關系。當前諸多的自組織等治理體系還創造出相當比例的現行規則，這些規則就是非正式關系。這種非正式關系就是社會資本。在創新體系中，該非正式網絡關系就是創新主體的社會資本存量，它是創新主體之間的交流、合作的前提。創新系統評價指標體系中需要有反映創新系統的發展環境和支撐基礎等指標。
擴散理論
創新擴散理論是指創新系統內的各種創新資源通過創新主體間的聯系、溝通與合作不斷與外界發生著物質、能量和信息交換，使得系統朝著有序化的方向發展，最大限度地提高創新系統的整體效率。區域創新系統與外界的交流有信息流、物質流、金融流等，需要用反映創新系統對經濟社會的影響等指標來體現。
區域創新系統治理能力的評價指標體系構建
區域創新系統的治理能力是指區域創新主體整合、協調各種創新資源，促使形成創新成果，推進創新成果應用的能力以及創新主體與外界的交流、合作和影響力。根據區域創新系統治理理論和治理能力的內涵，依據系統性、科學性、現實性和可操作性等原則，構建了區域創新系統治理能力的評價指標體系，包括多元投入能力、創新擴散能力、發展支撐能力和系統協同能力。多元投入能力是創新系統治理能力的基礎，創新擴散能力是創新治理能力的成果體現，發展支撐能力是創新治理能力的載體支撐，系統協同能力是創新系統治理能力的內部動力。區域創新系統治理能力評價指標體系構建如表1所示。
