還暴露了影響因子規則存在的另一漏洞：兩棲刊物欄目繁多（比如《自然》目前就有十八個），而各刊物對欄目的命名并不統一，除了“綜述評論”和“論文”之外，ISI對刊物其余欄目是否歸屬“引用項”，界定并不明確。
《自然》和《科學》雜志就都有這種情況，加菲爾德在早年文章中，曾專門指明，除“評論”之外，《自然》歸為“引用項”的欄目是“論文”和“通信”，《科學》歸為“引用項”的欄目是除“評論”之外的“論文”和“報告”（report）。而對《科學》上的常設欄目“通信”不算為“引用項”的做法，加菲爾德的解釋是：“不可將《科學》的‘通信’混同《自然》的‘通信’，因為后者相當于《科學》上的‘報告’。”
按實際發表內容而不僅憑名稱來決定欄目歸屬，雖合乎情理，但問題在于，由于人力的限制，ISI很難仔細甄別所有兩棲刊物的每一期、每一欄目，這就為刊物提升影響因子留下了操作空間。
二〇〇六年，美國《公共科學圖書館醫學雜志》（PLOS Medicine）在題為《影響因子游戲》（The Impact Factor Game）的文章中披露，雜志二〇〇五年首次被SCI收錄的時候，他們曾通過郵件、電話、面談等方式展開說服工作，試圖讓其時已歸屬湯森路透旗下的ISI少算分母項，而類似做法在行內已是公開秘密，“編輯們都試圖說服湯森路透減少雜志的分母數，而公司拒絕把挑選‘引用項’的過程公之于眾”。幾番接觸下來，他們意識到，除原創論文之外，湯森路透公司對余下哪些文本應該歸入“引用項”，完全含糊其辭?！豆部茖W圖書館醫學雜志》的情形是，分母項如果只包括原創論文，影響影子將達到11，如果將所有文本全部包括在內，影響影子將直降為3。從最終結果來看，雜志的這番討價還價似乎產生了效果，二〇〇五年它的影響因子是8。
照這樣看，為了影響因子計算公式的分母數值大小，和湯森路透討價還價的事是經常發生的。計算公式雖然年年在JCR報告上公開表述，但具體到某本雜志，其中的分母數值到底怎么計算，卻大有上下其手的空間，而湯森路透是不會將計算過程公之于眾的。
果如《公共科學圖書館醫學雜志》所言，期刊和湯森路透公司之間“討價還價”的做法已如此普遍，公司又堅持黑箱操作，則其間是否存在“權力尋租”性質的問題，很難不引人遐想。比如，我們可不可以進一步設想，作為一家精明的商業公司，這樣的規則漏洞有沒有可能是“科學情報研究所”最初有意留下的呢？
