法治政府建設中暴露的問題。與法治政府相關的指標中兩次評估平均在65分以下的共8項，包括行政不作為、財政公開、機動車輛限行的依法決策、對污染疏于監管的問責、對環境污染和食品安全的依法治理、政府廉潔、政府征地賠償。
依法行政整體評價不高，只有67.70分，雖然比2015年增加了3.9分，但仍然處在較差的水平。從總體上講，依法行政問題仍然是人們評價最低的領域之一，而其中行政不作為連續兩年都是依法行政各個指標中得分最低的，這說明行政不作為已經成為當前不依法行政的最突出問題。
財政公開指標雖然從2015年的59.5分（當年所有指標最低分）上升到2016年的62.68，但仍然是所有指標中得分最低者之一。行政公開整體評價也不高，只有67.73，但是財政公開是行政公開中最突出的環節，也是人們對財政透明度低的最直觀的評價。
依法決策指標中機動車輛限行是問題指標，得分平均只有63分，依法決策整體評價也不高，只有68.64分，5項依法決策指標中評價較差的占了五分之二。提高依法決策的水平是建設法治政府的重中之重。
對環境污染和食品安全的依法治理的評價很低，只有64.1和64.4，這是兩個與人們日常生活息息相關的領域，雖然屬于社會治理領域，但它們與政府治理密切相關，直接影響人們對政府法治的評價。
與此相關的還有廉潔指標，政府領導的廉潔是問題指標，2016年與2015年評估相比雖然取得不小進展，政府廉潔評價從61.4分上升到68.35分，但是兩年平均仍然在65分以下。
政府征地賠償雖然屬于人權指標中的財產權，但它與政府行為有著直接關系，兩次平均分只有64.33，侵犯財產權，征地不給予足夠的賠償，是公眾切身感受的侵害人民權益的事件。
司法適用中的薄弱環節。與司法相關的指標中問題指標共5項，包括司法適用指標中的民事執行效率、法治效果指標中的審判不公被問責、刑事司法中犯罪不起訴被問責、超期羈押被問責和人權指標中的平等權。
民事執行效率評估兩年平均得分只有62.61，這表明民事執行難這一困繞司法的老大難問題沒有得到根本解決。整個司法效率指標好評率都很低，兩年的平均分都在六十幾分的水平。就評價比率而言，民事執行效率的好評率不足10%，而差評率都超過60%，可見人們對民事執行效率的不滿程度。執行率不高說明，即使法院判決公正，但判決仍不能得到及時執行！從民事執行率的統計來看，所有執行案件中民事執行案件占80%以上，民事執行案件占民事結案數量的比率多年來平均在三分之一左右，有的年份甚至超過40%，接近50%。近年來加大執行改革的力度，民事執行率有所下降，比如2015年法院一審、二審、再審民事案件結案總量10522874件，同年法院受理的民事執行案件3196141件，占全部結案的民事案件的25%。但是，這么大比率的民事案件判決，當事人自己不履行，需要執行程序，甚至需要法院強制執行，是人們對民事執行率，乃至整個司法公信力評價不高的一個很重要原因。
對審判不公被問責的評價兩年都很低，2015年是各項司法指標中最低的，只有59.9（當年只有兩項指標在60分以下，即審判不公被問責和財政公開），2016年雖然有所增長，但平均分仍然只有61.95。與刑事司法相關的問責指標還包括檢察機關對犯罪不起訴的問責，公安機關超期羈押的問責，兩年都在65分以下。
人權指標中的問題指標是平等權，連續兩年都在65分以下。平等權在全部人權中具有至關重要的地位，是否能做到法律面前人人平等，無論地位高低、財產貧富，都同等對待，是人們評價人權、進而評價司法的基礎。雖然對公正司法的評價超過70分，但是在法官行政審判是否中立，律師與法官是否違規交往的評價中仍然處于較差的水平，而這些恰恰與平等權有著密切聯系。
黨外、紀委監督和黨員、黨外監督的差距。黨內法規相關的問題指標共3項，包括黨內法規體系中的黨員監督，法治效果體系中的對干部考察任命的問責和黨組織領導廉潔。
