要實現這種系統性、大規模的創新，關鍵在于破除存在阻礙創新的系統機制，需要在克服系統瓶頸中構建能夠激發創新的系統。創新常常表現為個體的創造而帶有隨機性，但是從更宏闊的背景看，一個社會在某個時代的整體性創新不只是少數天才的靈光閃現，更是整個社會系統運行的結果。一個國家的現代化本身是社會系統重建的過程，其方向則是不斷優化系統機構，形成能夠激發創新的復雜有有效的機制，最終帶來整個社會物質和精神財富的涌現。這個過程，即是創新涌現的過程。
基于對這一規律的認識，中國確立了建設創新型國家、構建國家創新體系的戰略目標。不過在實際運行中，創新常常局限于“科技創新”，建設創新型國家往往被視為“科技部”的任務，這是需要改變的認識誤區。現代社會的創新依托于整個國家和社會的系統，絕非是科學技術所能承擔的事情。實現社會主義現代化是一個社會系統的整體變遷，探索社會主義新型文明更是前所未有的新事業，必然需要系統性的創新，而實現系統性的創新則需要有利于創新的系統機制。社會本身是一個復雜巨系統，其中各種因素相互依賴相互制約，在一定條件下會形成激勵或者抑制創新的系統機制。培育創造性思維和創新人才是創新的基礎，但教育受制于政治、社會和文化的影響而鮮少具有獨立性和自主性；政治融入到社會生活的各個方面，權力缺少約束不僅帶來腐敗還會鉗制思想，導致變革與創新的動力不足；文化受制于政治、經濟與教育的影響而難以展現其主體性。為現實利益驅動和現實規則的約束，各種行動主體在思想和行動上都不敢越雷池一步，導致系統整體的創新能力不足。這種系統機制抑制了創新的熱情與動力，形成了阻礙創新的價值觀和行動機制。克服創新瓶頸、實現系統創新的大規模涌現，就必須破除上述阻礙創新的系統機制，構建能夠激發創新的國家創新系統。構建國家創新系統旨在培育以創新為導向、能夠激發創新的結構，以制度創新、體制機制創新、文化創新構建有利于創新的系統機制，進而產生大規模創新的效能。其中，中國由于有著大一統的漫長傳統，國家在整個經濟社會生活中發揮著主導作用，因此國家制度和運行機制的完善具有根本意義。
構建創新系統的現實路徑
當代中國創新需求高但創新能力不高，這是整個社會系統創新機制不成熟的表現，又是各個要素之間彼此不協調、相互掣肘的結果，整個社會創新能力受制于各個不同的短板。面對龐大的阻滯創新的機制，建構創新系統需要從社會變革的系統整體入手，破解難題、彌補短板、理順機制、建立激發創新的合理制度安排，培育致力于追求創新的企業家精神。構建國家創新系統以實現大規模創新的涌現是實現現代化的根本要求，但這并非自然而然就能實現的。從現實看，社會結構具有強大的穩定性和慣性，既成的利益格局、制度的慣性、傳統觀念的束縛等都阻礙了創新系統的形成。而在強大的結構面前，個人常常是無能為力的。如何克服阻力、突破瓶頸是歷史提出的重大命題。克服創新瓶頸，構建創新系統可以從兩個方面進行突破。
一方面，改革各種阻礙創新的體制機制，以制度創新作為突破口，鼓勵各行各業的創新試驗，在實踐探索的基礎上構建國家創新系統。創新是在試錯中不斷探索、排除錯誤和發現真知解決問題的過程，允許自由探討、鼓勵試驗探索、允許犯錯失敗是創新的客觀規律，只有遵循這種規律才能達成目標。鼓勵各種行動主體的創新探索，需要完善社會主義法治，以法治為創新提供保障和動力。2035年基本實現現代化的關鍵難點是實現國家治理體系和治理能力現代化，建設法治國家、法治政府、法治社會，這也是構建創新系統需要抓住的“牛鼻子”。在法治國家的大格局下，推動整個社會的體制機制創新，形成全社會激勵、保護、追求創新的社會機制和文化價值觀。在總結各方實踐探索經驗的基礎上，在國家系統層面進行頂層設計，構建國家和社會整體層面的創新系統。
