新中國成立之初，全國衛生狀況較為落后，衛生設施匱乏，各種傳染病和地方病嚴重威脅人民群眾的生命和健康。黨中央對衛生工作高度重視，明確提出“面向工農兵、預防為主、團結中西醫、衛生工作與群眾運動相結合”的衛生工作方針。1952年1至2月，美國在朝鮮及我國東北等地連續投擲蒼蠅、蚊蟲等帶菌媒介物。為組織和領導反對細菌戰的工作，3月14日政務院成立中央防疫委員會，19日向各大行政區及各省、市、自治區人民政府發出反細菌戰的指示。響應黨中央的號召，各地各級人民政府相繼成立防疫委員會，轟轟烈烈的愛國衛生運動由此在全國城鄉廣泛展開。
黨委統一部署，領導帶頭
愛國衛生運動興起后，自中央到地方，各級黨委統一部署工作任務，凝心聚力推動運動深入發展。1952年底，在總結一年來愛國衛生運動經驗的同時，政務院發布關于1953年繼續開展愛國衛生運動的指示，要求繼續加強一切反細菌戰的措施，應更加普遍深入地發動群眾，進行清除垃圾、改善飲水、捕鼠、滅蠅、滅蚊等工作，還規定將各級防疫委員會統一改稱為愛國衛生運動委員會。1954年4月，《中央關于各級黨委必須加強對衛生工作的政治領導的指示》強調“衛生工作對于發展生產、鞏固國防、增進人民健康極其重要，今后各級黨委務必加強對這方面的領導”。
根據黨中央的指示精神，各地開展愛國衛生運動著重強調黨委領導。例如，1952年8月，江西省政府主席親臨指導全省愛國衛生工作會議，要求各級行政首長繼續加強領導，依靠群眾力量，把衛生運動搞好。1959年11月，北京市愛國衛生運動委員會作出部署，要求各地區、各單位在黨的領導下，干部、醫務人員和群眾密切結合，及早加強對可能發生的傳染性肝炎、流行性感冒、慢性痢疾、麻疹等疾病預防工作。
愛國衛生運動在各地展開后，各級領導帶頭發揮積極引領作用，推動運動不斷深入發展。例如，1958年，周恩來總理親自部署首都除四害講衛生突擊周運動，人民群眾備受鼓舞，自覺行動起來加入到運動熱潮中。北京市委市政府及衛生局的領導干部經常視察衛生工作，有的還親自向群眾作報告，講演衛生工作方針政策，使群眾深受教育，對衛生運動予以積極響應。領導干部以身作則，深入工作實踐，為運動開展起到重要表率作用，有力推動愛國衛生運動日益深化。
深入宣傳，全民動員
愛國衛生運動剛一開始，黨和各級政府高度重視宣傳動員工作，著重強調要充分發動群眾，依靠群眾。1952年3月，中央宣傳部發布關于防疫宣傳工作的指示，指出我們正在全國范圍開展群眾性的愛國防疫衛生運動，宣傳工作極為重要，一切宣傳教育機關都要參加到這個宣傳活動中來。12月，為號召廣大民眾積極參與愛國衛生運動，毛澤東為第二屆全國衛生會議題詞：“動員起來，講究衛生，減少疾病，提高健康水平，粉碎敵人的細菌戰爭。”
為推動愛國衛生宣傳動員工作的開展，一系列相關機構相繼設立，人員力量不斷壯大。1952年中央愛國衛生運動委員會成立后，其下設宣傳組，組織開展衛生防疫宣傳工作。1953年以后，縣以上各級衛生防疫站建立，站內設有衛生宣傳科（室），負責組織本地區的衛生宣傳教育工作。除了衛生系統內的宣教機構外，全社會各行各業的相關部門也都發揮各自的職能，積極配合和支持衛生宣教工作的開展。以北京市紅十字會為例，在開展除四害講衛生運動中，他們培養衛生宣傳員、疫情報告員、消毒員等約2.3萬余人，分別組織在農村、廠礦、學校、各行業的3000多個紅十字衛生站中，負責疫情報告、群眾性消毒、衛生宣傳等工作，成為一支重要的宣傳力量。
在愛國衛生運動推進過程中，各地采取的宣傳方式豐富多樣，除報刊報道、廣播電視電影播映、街頭講演、標語傳單發放、衛生展覽、衛生文藝演出等形式外，還有的通過入戶座談等方式進一步深入群眾。據不完全統計，1953年全國舉辦衛生展覽會13700多次；放映幻燈43400多冊，群眾達1200多萬人；組織講演會75.4萬多次，聽眾達4070萬人。通過廣泛宣傳動員，廣大群眾的衛生知識不斷增強，衛生觀念悄然發生轉變，衛生習俗也有明顯改善，樹立起“人人講衛生，家家愛清潔”的新氣象。
檢查評比，典型示范
各地在開展愛國衛生運動過程中，不斷探索出多種有效的工作方式，其中實施衛生檢查、舉辦競賽評比、及時表揚批評，被證明是帶動工作的一種好方法，在各地得到廣泛應用。衛生檢查的形式比較多樣，包括衛生執法部門的定期檢查，各行各業的自查及互查，各部門間的聯合檢查，地區范圍衛生大檢查及國家衛生大檢查等。開展競賽評比活動也是愛國衛生運動中經常使用的方法，參加評比的對象比較寬泛，有居民戶、社會各單位，也有不同城市、不同地區間的評比，通過插紅旗插白旗的獎懲形式，激發群眾的工作熱情。例如，1952年北京掀起愛國衛生運動后，街道居民每10戶為一衛生小組，互相檢查。在全國大城市愛國衛生運動評比中，北京與南京并列第一。
在愛國衛生運動中還涌現出很多先進模范人物及典型事例，通過宣傳樹立起榜樣，在榜樣的示范帶動下，愛國衛生運動取得顯著成效。例如，廣東省佛山市和山西省稷山縣是通過愛國衛生運動改造舊城市、舊農村的兩個先進典型。中央愛國衛生運動委員會和衛生部分別于1959年11月和1960年3月，在稷山縣和佛山市召開了全國農村衛生工作和城市衛生工作的現場會，向全國推廣這兩個地方的先進經驗。1960年4月，北京市西城區開展了“學趕佛山迎接五一”的衛生突擊運動。又如掏糞工人時傳祥，1959年當選為全國勞動模范，出席了全國群英大會。隨即北京市清潔工人展開學習時傳祥活動，組織競賽評比，至1963年，全市達到“三凈、四無、八潔”服務要求的各區清潔隊，歷年均為90%以上，北京環境衛生面貌得到明顯改善。
愛國衛生運動作為人民衛生事業的重要組成部分，在經歷前期以粉碎細菌戰為主要任務后，逐漸轉為以除害滅病、服務群眾生產生活為中心的經常性工作，創建了有中國特色的衛生工作方式，是我們黨把群眾路線運用于衛生防病工作的偉大創舉和成功實踐。通過開展愛國衛生運動，我國衛生狀況得到明顯改善，逐漸向著“消滅疾病、人人振奮、移風易俗、改造國家”的奮斗目標靠近。
