光有好的水源是不夠的，還需要保護好水源地的安全，不受污染。在南水北調工程建設之初，國務院南水北調辦就明確提出了“先治污后通水，先環保后用水”的發展目標。之后，國務院發布文件，加強丹江口庫區及上游水污染防治和水土保持，累計安排190億元資金，將水源區43個縣全部納入規劃，使污水處理廠實現全覆蓋。
記者了解到，在核心水源區湖北省丹江口市，共關停“五小”企業100多家，關閉污染源120處，砍掉有污染的大小項目120多個；在渠首所在地河南淅川縣，累計關停污染企業350家，否決大型項目40多個……
水在運送過程中的安全監管十分重要。在南水北調中線建管局河南分局的監控室，記者看到，河南境內的干渠以漳河劃為南北渠段，各個渡槽、節制閘、分水閘等的水位、流量都在大屏幕上的實時監控之中。河南分局副局長王江濤告訴記者，目前河南分局已經形成月度固定端面水質監測、自動水質監測站自動監測、水質實驗室補充比對監測水質監測體系，以保證水質的安全可靠。
天津分局設立了1個水質實驗室、2個水質自動監測站和4個水質監測斷面，通過實驗室監測、自動監測和人工巡查相結合的辦法對天津段輸水水質實施監測。
北京市南水北調辦主任孫國升告訴記者，南水進京要經過三道防線：第一道是北拒馬河節制閘，用發光菌檢測污染物；第二道是永定河進口閘，用一種對水體敏感的魚監測水質；第三道是自來水廠，一旦發生突發事件將迅速反應。
水價——在可承受的范圍內
通水之前，社會上對于“南水”的成本及價格問題十分關注。記者在北京、河南等地采訪時了解到，由于主干渠剛通水一年，部分地區配套工程仍在建設中，用水情況不一，目前很多受水區的水價還未變化，但上調是總體趨勢。
從各地情況看，目前，許昌市取水價格為0.74元每立方米，比以前略高，居民用水價格還暫時未進行調整。
鄭州市于2016年1月1日起實施新水價方案，居民生活用水水價從原來的2.4元每立方米上調為3.90元每立方米（第一階梯水價）。
在北京市，自2014年5月1日起執行階梯水價，目前第一階梯水價為5元每立方米，南水進京后尚未進一步調整。家住北京市郭公莊幸福家園小區的居民王艷香表示，政府投入這么大的資金、人力物力，為咱老百姓送來優質的水資源，水價適當上漲可以接受。
