針對未來水價將作何調整，國務院南水北調辦有關負責人表示，南水北調工程投資大，調水線路長，調水成本高于受水區當地水資源的成本是必然的。但是公眾不用擔心水價會出現大幅上漲的現象，這主要基于以下幾個原因：
一是南水北調主體工程水價是按“保本、還貸、微利”原則確定，由工程供水成本、利潤和稅金構成，雖然總成本高，但調水量大，單位成本并不是很高。
二是受水區用戶終端水價是由受水區多水源的綜合成本（含南水北調水價）、自來水廠加工和運營成本、污水處理費、水資源費等多因素構成，南水北調水價僅是水源成本的一部分，直接影響程度較低。
三是在制定南水北調水價時，將充分考慮受水區當前的實際情況，目前還未按水資源的稀缺程度確定水價。據測算，受水區按最終用水價支付的用水費用，占居民消費總支出比重不會超過2%，仍然在居民可承受能力范圍之內。
水量——尚不能完全解決缺水現狀
通水一年來，南水北調中線一期工程累計分水水量21.7億立方米，其中向北京輸水8.22億立方米，天津3.73億立方米，河北1.25億立方米，河南8.47億立方米。4個省市沿線約3800萬人直接受益。
南水北調中線建管局總調中心負責人表示，工程通水后沿線水資源緊張態勢有所緩解，一些地區水質明顯得到改善，通水效益逐漸顯現，但用水缺口依然存在。
孫國升算了一筆賬，北京市每年需求水量約為36億噸，自然降水20億噸，有16億噸的缺口，而南水指標只有10億噸，這意味著還有將近6億噸的水沒有著落。
由此可見，北京的供水問題仍不容樂觀。北京市南水北調辦一位工作人員的話十分直白：“以前水資源短缺情況嚴重，懷柔水庫處于無水狀態，密云水庫44億立方米的庫容量最少的時候只剩下約6億立方米。為維持北京市龐大的供水需求，只能使勁開采地下水。現在南水來了，對緩解北京供水壓力起到很大幫助，但是還無法根本解決缺水問題，所以還需要適量開采地下水。我們未來的目標是慢慢用南水回填懷柔和密云水庫，將來如果有可能，再回補地下水。”
據了解，一年來，盡管北京人均水資源量已由原來的100立方米提升到150立方米，但仍遠低于國際公認的人均1000立方米的缺水警戒線。天津的情況和北京類似。天津市南水北調辦總工程師趙考生說，引江通水后一段時期，天津城市生產生活用水有所改觀，但農業和生產用水依然缺乏。
既然水量還不夠，那該怎么辦？孫國升認為，一方面應構建多元化的外調水保障體系。另一方面，要提高水資源的利用率，節約每一滴水。
